首先進入BLAST，在此你可進入不同的blast，找尋nucleotide blast，再進入Standard nucleotide-nucleotide BLAST。

你可在search的位置上貼上基因排列，並可在choose database的地方選擇要找尋的資料庫，例如：老鼠、果蠅等(通常用nr：non-redundant來找人類的資料就可以了)，再按blast!。

之後按Format!來繼續blast。

此時一個會自動更新的新視窗會被開啟，耐心等一會直至工作完畢，結果便會列出來。

當結果列出後，查看準確度分佈圖，再按最高準確度的棒，那這一個基因將是和你輸入的基因排列最相似的。

在並列的部份，你可看看你輸入的基因排列(A.)和資料庫中的資料(B.)有多相似。你亦可按超連結以獲得這基因的資料。