Protein BLAST這一種工具可以讓你把手上的蛋白質排列和其他的蛋白質排列作比較。而我們將會介紹其中的一種protein blast：Standard protein-protein BLAST，這一種工具可以以不同格式的蛋白質排列和NCBI的資料庫中的作比較。

首先進入BLAST，在此你可進入不同的blast，找尋protein blast，再進入Standardprotein-protein BLAST。

你可在search的位置上貼上蛋白質排列，並可在choose database的地方選擇要找尋的資料庫，例如：老鼠、果蠅等(通常用nr：non-redundant來找人類的資料就可以了)，再按blast!。

接著你會看到一幅圖，它指出了這一個蛋白質所擁有的家族特質，你可按該圖以獲得更多資料(在那裡你可看該蛋白質的三維構造)。按Format!來繼續blast。

此時一個會自動更新的新視窗會被開啟，耐心等一會直至工作完畢，結果便會列出來。

當結果列出後，查看準確度分佈圖，再按最高準確度的棒，那這一個蛋白質將是和你輸入的蛋白質排列最相似的。

在並列的部份，你可看看你輸入的蛋白質排列(A.)和資料庫中的資料(B.)有多相似。你亦可按超連結以獲得這蛋白質的資料。